导读：火山图同样使用三种神气辩别示意显耀上调现金九游体育app平台，显耀下调理不显耀。通过为特定的数据点添加另一种神气，不错创建双色或四色火山图，从而更直不雅地凸起感酷好的数据点。

《Nature Communication》著作“Molecular and functional landscape of malignant serous effusions for precision oncology”fig 4C的双色火山图中，点的神气不再示意上调大致下调，而用深红色示意GO条件“DNA conformation change” (GO:0071103) 中的基因，灰色示意其他基因。

1，掀开作图URL

https://www.bioinformatics.com.cn/plot_basic_two_colors_or_four_colors_volcano_plot_248

2，示例数据

点击图片上方的示例数据，下载，并使用excel掀开。

示例数据包括两部分

第一部分是通盘点的数据（左侧）：

第1列是点对应的名字，举例基因（必需独一）

第2列是log2foldchange

第3列是p值大致FDR值

第二部分是待标注的点的名字（右侧）：

名字来自第一部分的第一列，即需要十分暖热的数据点的名字（汉文请示毋庸拷贝）

3，输入搜检

示例数据：点击输入框底下的“示例”按钮，将载入示例数据。

信得过数据：数据放在excel中，调度好后，Ctrl+A选中数据，Ctrl+C拷贝，Ctrl+V粘贴数据到输入框中。

然后使用输入框底下的“输入搜检”按钮先对输入数据进行搜检。若搜检欠亨过，请笔据搜检请示访佛【修改-输入搜检】依次，直到搜检通过（如下图所示），然后不错赓续遴荐参数。

注：输入搜检是新加功能，它会笔据不同模块的输入要求，逐行逐列搜检输入数据，并给出请示，确保数据相宜模块输入要求。

4，遴荐参数

图片大小：建立了图片的宽度，图片的高度

是否标注感酷好基因的名字：标注名字大致不标注名字，无情点少的话标注，点多的话不标注

字体大小：建立了轴诠释翰墨字体大小，及轴刻度翰墨字体大小，图例标题字体大小，图例翰墨字体大小，以及点上标注名字的字体大小

神气：建立了4种神气。感酷好点的神气，上调点的神气，下调点的神气和不显耀点的神气。若上调、下调、不显耀建立为团结种神气，则最终绘图双色火山图。若建立4种神气均不同，则最终绘图四色火山图。

神气代表的类别号：辩别对应4种神气。感酷好点的名字，上调点的名字，下调点的名字和不显耀点的名字。若绘图双色火山图，则仅前两个名字起作用；若绘图四色火山图，4个框的名字齐需要填写。

点大小：建立了感酷好点的大小，和其他点的大小，以及点的透明度。

X/Y轴鸿沟：

Y轴鸿沟笔据数据中p值来笃定，若存在0，大致几个很高的孤单的点，不错通过建立p的最小值，将点拉下来，即小于该值的p值被强行拉成该值。举例有一个点X的p值是1e-80（点在Y轴80的地点），而其他通盘点齐是1e-20以上（点在Y轴20以下），那么不错建立该值为1e-21，把点X强行拉到1e-21隔壁。这么图片上不会有一个很孤单的点，保捏图片好意思不雅度。

X轴鸿沟：若齐留空则后台笔据数据鸿沟自动建立X轴鸿沟；若齐非凡值，则笔据提供的数值建立X轴鸿沟。

阈值：p阈值代表水平线。Fc阈值代表两条垂直线，默许是fc，是以必须>=1

轴诠释：X轴诠释翰墨，其中log2()是后台自动添加；Y轴诠释翰墨，其中-log10()是后台自动添加，不错使用acrobat illustrator进行调度

字体：建立了期刊杂志中最常用的两种字体：Times New Roman和Arial。如需使用其他字体，不错下载pdf大致svg图片，然后使用acrobat illustrator进行剪辑

5，提交出图

搜检通过，而且参数选好后，点击“提交”按钮，约5s后，会在页面上右侧披露双色或四色火山图。咱们提供了pdf、svg两种矢量图，png、tiff两种标量图供人人下载使用。不错使用acrobat illustrator等软件剪辑矢量图，进行组图，调度翰墨位置，添加诠释等操作，以吹法螺个性化需求。

下图为双色火山图（不标名字）。

看重：遴荐标注名字时，要是点很密，则后台仅会标注比拟突破的点，不会一说念标注。

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